中国有13.21亿人口，其中7.28亿分布在农村，占全国人口总数的55.11%。中国是一个城市和农村具有不同管理体制的二元制管理模式社会。城乡之间、不同区域之间的经济发展差距较大，农村居民收入水平较低，且增收缓慢。至上世纪九十年代中叶城市收入已达到农村收入的3.5倍。在城市广泛推广城镇职工医疗保险的同时，到2002年底近90%的农村居民却没有任何医疗保险覆盖。低下的支付能力导致了“因病致贫、因病返贫”现象频繁发生，严重影响了农村居民的健康水平和劳动力素质的提高，也制约了农村经济和社会的发展。由于自然、地理、人文等因素，此现象在中西部农村地区尤为严重。随着我国经济与社会的不断发展，越来越多的人开始认识到，“三农”问题是关系党和国家全局性的根本问题。而不解决好农民的医疗保障问题，就无法实现全面建设小康社会的目际，也谈不上现代化社会的完全建立。大量的理论研究和实践经验也已表明，在农村建立新型合作医疗制度势在必行。面对传统合作医疗中遇到的问题，卫生部组织专家与卫生研究机构进行了一系列的专题研究，为建立新型农村合作医疗打下了坚实的理论基础。经过三年的多部委调研与协调，中共中央和国务院在2002年10月19日下发的《中共中央、国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》中明确指出：“各级政府要积极组织引导农民建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度”、“ 到2010年，新型农村合作医疗制度要基本覆盖农村居民”、“ 从2003年起， 中央财政对中西部地区除市区以外的参加新型合作医疗的农民每年按人均10元安排合作医疗补助资金，地方财政对参加新型合作医疗的农民补助每年不低于人均10元”以及“农民为参加合作医疗、抵御疾病风险而履行缴费义务不能视为增加农民负担”。农民自愿参加、以县为单位分担风险、主要补大病，和由政府(卫生部门)实行管理，是该制度的四大基本特征。该制度与医疗救助制度相辅相成，后者解决最贫困人群的基本卫生保健问题。这是历史上我国政府第一次为解决农民的基本卫生问题而进行大规模的投入。从2003年开始，新型农村合作医疗的试点地区不断增加。到2004年底，全国31个省、自治区、直辖市共有333个县(市)开展了新型农村合作医疗试点工作，约覆盖10691.09万农业人口，实际参加新型农村合作医疗的农民8040.01万，参合率为75.20%;其中，中西部22个省(市、区)启动了233个试点县(市)，约覆盖6225.76万农业人口，实际参加人数4678.98万，参合率为75.16%。截至2005年3月，全国试点县(市)数已达620个。各试点地区都初步建立了一套专门的新型合作医疗组织管理机构。随着新型农村合作医疗试点规模的不断扩大，设立一个中央级的组织管理与科研机构显得尤为重要。全国新型农村合作医疗的管理及相关领域的科研都需要该机构来完成。2004年8月19日，中共卫生部党组会议提出了设立农村合作医疗事务管理机构的贯彻落实意见。2004年11月12日，卫生部卫生经济研究所接到卫生部农卫司下达的关于组建合作医疗管理中心的任务。经过半年多的准备与筹建，经卫生部批准卫生部新型农村合作医疗研究中心于2005年6月22日正式成立。本中心目前暂设在卫生部卫生经济研究所，由研究所所长兼中心主任，农卫司和规划司负责相关业务指导。卫生部新型农村合作医疗研究中心在卫生部的统一领导和组织下，承担全国新型农村合作医疗的监督、检查和评估，业务指导与培训，信息管理与信息化建设，咨询、投诉与稽查，调查研究、总结推广经验，以及科研、国际交流与合作等项职责。